La Facultad de Agronomía y Sistemas Naturales de la Pontificia Universidad Católica de Chile dispone de cinco departamentos que se encargan de organizar y especializar la extensión e investigación de los diferentes campos de la agronomía y las ciencias agrícolas.
Cada uno de ellos trata áreas específicas que permiten adquirir una mayor profundidad en la investigación y el aprendizaje. Estos departamentos son:
