La Facultad de Agronomía y Sistemas Naturales se encuentra ubicada al interior del Campus San Joaquín de la Pontificia Universidad Católica de Chile, en la ciudad de Santiago.
La Facultad posee tres unidades de laboratorios docentes, salas de computación, de numerosos espacios de investigación en diferentes áreas de especialidad, además de un laboratorio central de servicios.
Adicionalmente, tiene todos los equipos necesarios para realizar diversos análisis en apoyo de la investigación y la docencia de postgrado. Cuenta con aulas y salas de estudio exclusivas para los alumnos de Doctorado y acceso a estaciones experimentales en las comunas de Pirque, Curacaví y Las Cruces, donde se realizan trabajos de investigación en terreno.